Banca de DEFESA: João Antonio Alves Nunes

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : João Antonio Alves Nunes
DATA : 10/08/2022
HORA: 13:30
LOCAL: Videoconferência
TÍTULO:

Resolução de novas interações proteína-proteína a partir de paisagens de sequências artificiais

PALAVRAS-CHAVES:

interação proteína-proteína. coevolução molecular. paisagens de sequências.

PÁGINAS: 50
RESUMO:

Teorias coevoluƟvas descrevem a distribuição de probabilidade de proteínas que interagem em termos de um modelo estaơsƟco de Boltzmann. Como resultado de pressões seleƟvas, espera-se que essa distribuição se desvie acentuadamente da uniformidade apresentando um número relaƟvamente pequeno de sequências muito prováveis em todo o espaço de sequências. Enquanto essa afirmação deva ser verdadeira para sistemas interólogos em geral, suas distribuições de sequência podem não ter sido totalmente moldadas por pressões seleƟvas, abrindo a possibilidade de que novas sequências interólogas possam ser selecionadas a parƟr de distribuições de menor entropia geradas arƟficialmente. O objeƟvo desse trabalho foi invesƟgar o significado İsico de novas sequências selecionadas a parƟr de paisagens de fitness arƟficiais. Para isso, exploramos um Algoritmo GenéƟco, que resolve a distribuição maximizando os acoplamentos estaơsƟcos, começando de um alinhamento múlƟplo de sequências naƟvo e explorando o espaço de alinhamentos múlƟplo de sequências embaralhados. Também resolvemos uma distribuição minimizando os acoplamentos estaơsƟcos através do embaralhamento ao acaso do alinhamento múlƟplo de sequências. Uma vez que as sequências arƟficiais foram selecionadas a parƟr das distribuições maximizadas e minimizadas, suas energias livre de ligação em uma pose de interação naƟva fixa foram avaliadas de acordo com os cálculos de energia livre baseados no método MM/PBSA. Para avaliar o senƟdo İsico das sequências naƟvas e arƟficiais calculamos a temperatura de seleção em relação a sequências aleatórias de mesma composição. Nossos resultados apontam que é possível selecionar novas sequências arƟficiais não-similares em temperaturas de seleção mais frias ou mais quentes que a temperatura de seleção naƟva e, que as sequências arƟficiais selecionadas apresentam diferenças apenas quanto a especificidade, mas não em relação a afinidade de ligação. É possível concluir que a evolução molecular da interação de dímeros não-obrigatórias pode ser restrita somente pela especificidade, já que a afinidade deve ser apenas consequência da composição de aminoácidos determinada pelas restrições de enovelamento. Além disso, constata-se a possibilidade de encontrar novas interações proteína-proteína com caracterísƟcas iguais ou melhores que as interações existentes na natureza.

MEMBROS DA BANCA:
Externo ao Programa - 1255916 - ANTONIO FRANCISCO PEREIRA DE ARAUJO
Externo à Instituição - FERNANDO LUCAS DE MELO
Interno - 2122537 - MARCELO DE MACEDO BRIGIDO
Presidente - 1666182 - WERNER LEOPOLDO TREPTOW