A interação de pequenas moléculas com proteínas regula diversos processos biológicos. Interações complexas possuem muitos sítios e estados de ocupância possíveis, e os métodos atuais costumam ser insuficientes para realizar uma boa caracterização. Esse problema é resolvido utilizando uma nova abordagem, a qual descreve a interação como a partição para uma fase correspondente à interface proteica. Nesse trabalho, a abordagem da partição em dois sítios é utilizada para obter o coeficiente de partição em simulações de \flooding\, e a partir dele obter  outras propriedades em diversas concentrações, como curvas de titulação e densidades tridimensionais. Além disso, o processo de partição será separado em etapas através de um ciclo termodinâmico e a influência de cada etapa juntamente com o papel da concentração serão analisados com detalhes. Os resultados obtiveram valores satisfatórios quando comparados com outros sistemas independentes. O desenvolvimento das ferramentas deste trabalho possui potencial de aplicação bastante promissor, sendo útil para diversas interações de pequenas moléculas com proteínas.