Banca de QUALIFICAÇÃO: Felipe Marques de Almeida

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : Felipe Marques de Almeida
DATA : 09/02/2024
HORA: 14:00
LOCAL: Videoconferência
TÍTULO:

"Desenvolvimento de protocolos computacionais escalonáveis para a análise completa de genomas bacterianos e sua aplicação em um estudo comparativo e retrospectivo de cepas multirresistentes de Brasília."

PALAVRAS-CHAVES:

genômica; multirresistência; antibióticos; klebsiella; pipelines; bioinformática

PÁGINAS: 1
RESUMO:

Os avanços nas tecnologias de sequenciamento de DNA remodelaram a genômica bacteriana, permitindo montagens em nível de cromossomo por uma fração de custo e tempo. No entanto, a plena realização deste potencial depende de recursos computacionais para analisar os dados. Por isso, desenvolvemos três pipelines computacionais eficientes e padronizados que compreendem o controle de qualidade de dados brutos de sequenciamento, montagem de genoma e extensa anotação genética com relatórios gráficos. Em particular, fornecemos um módulo de anotação especializado para bactérias envolvidas em infecções nosocomiais, que identifica genes de resistência a antibióticos (ARG), fatores de virulência, profagos e elementos integrativos. Para demonstrar seu uso, sequenciamos e analisamos três amostras de Klebsiella pneumoniae provenientes do Hospital Universitário de Brasília. A anotação revelou que eles pertencem ao ST 11, uma das principais linhagens de Klebsiella pneumoniae resistentes a carbapenêmicos (CRKP). Detectamos a presença dos genes NDM-1, CTX-M-15 e OXA beta-lactamases nos três isolados, bem como vários outros ARGs distribuídos entre cromossomos e plasmídeos. Além disso, também foram detectados genes de virulência frequentemente relacionados a cepas hiper virulentas, como Salmochelin. As análises de sintenia mostraram que, apesar do conteúdo do genoma altamente semelhante, seus genomas são estruturalmente diferentes, com vários rearranjos observados. Por fim, realizamos uma análise genômica comparativa retrospectiva utilizando outras linhagens de CRKP isoladas de Brasília e de outras localidades brasileiras. Os resultados indicam que o fenótipo de resistência está mudando, com isolados recentes exibindo a coexistência de múltiplas carbapenemases e outros ARGs em seus genomas. Concluindo, os resultados reiteram alertas sobre o surgimento de clones de alto risco devido à convergência de genes de resistência e virulência, reforçando a necessidade de programas de vigilância de patógenos para combater a disseminação dessas características de alto risco.

MEMBROS DA BANCA:
Externa ao Programa - 1357716 - BRUNA FUGA ARAUJO - nullPresidente - 1556610 - GEORGIOS JOANNIS PAPPAS JUNIOR
Externo ao Programa - 1421195 - LUIS CARLOS GUIMARAES - nullInterno - 1661623 - RICARDO HENRIQUE KRUGER
Externo ao Programa - 1876284 - VICENTE DE PAULO MARTINS - null