Banca de QUALIFICAÇÃO: JHON ERIC ALVES FERNANDES

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : JHON ERIC ALVES FERNANDES
DATA : 09/08/2024
HORA: 08:30
LOCAL: Videoconferência
TÍTULO:

"Descoberta e evolução de novos vírus em plantas e insetos vetores usando dados de sequenciamento de alto desempenho".

PALAVRAS-CHAVES:

Diversidade viral, Genômica, Bioinformática

PÁGINAS: 30
RESUMO:

O Short Read Archive (SRA - acervo de leituras curtas em inglês) é um banco de dados em franca ascenção que armazena dados brutos de sequenciamentos genômicos. A evolução constante de métodos computacionais combinadas com a popularização de arquiteturas de computação em nuvem permitiram um acesso fácil e escalonável a esses dados, abrindo novas perspectivas de pesquisa. Uma dessas novas perspectivas é a busca de vírus presentes nos dados das amostras sequenciadas que escaparam às análises iniciais. Essa tese implementou um protocolo de análise computacional para analisar dados genômicos armazenados no SRA que foram anteriormente apontados como contendo sequências virais pelo projeto Serratus. O nosso foco é a família deltaflexiviridae, pois é um grupo pouco estudado dentro da ordem Tymovirales que contem vários vírus que infectam plantas de grande importância econômica. Nosso método foi capaz de encontrar 82 dos 202 acessos contendo 112 genomas prováveis novos genomas virais. Nossos resultados fornecem evidências filogenéticas adicionais para a existência de uma família proposta previamente, Emraviridae ao classificar quatro possíveis vírus a essa família. Nossos resultados também sugerem a divisão da família Deltaflexiviridae e a criação de uma nova família: Thetaflexiviridae. Além de contar com alguns membros de Deltaflexiviridae, a nova família contem 82 dos genomas descritos por esse trabalho (54 possíveis novas espécies). Enquanto isso, a família Deltaflexiviridae conta com 18 novos genomas (13 possíveis novas espécies). Tambem sugerimos que outro grupo formado por dois novos genomas sejam divergentes o suficiente para serem classificados como uma nova familia, Epsilonflexiviridae. Os demais genomas foram classificados como membros das famílias Betaflexiviridae (4 genomas) e Alphaflexiviridae (2 prováveis novas espécies). Nossos resultados esclarecem aspectos importantes da evolução da ordem Tymovirales e abre novas questões a respeito da taxonomia do grupo.

MEMBROS DA BANCA:
Interna - 2222088 - ELIANE FERREIRA NORONHA
Externo à Instituição - ERICH YUKIO TEMPEL NAKASU - EMBRAPA
Interno - 1062841 - GABRIEL SERGIO COSTA ALVES
Externa à Instituição - MARILIA SANTOS SILVA PATRIOTA - EMBRAPA
Presidente - 1623558 - TATSUYA NAGATA