A comparação de sequências biológicas é uma das principais operações na área de Bioinformática. Os algoritmos exatos utilizados para compará-las aliado ao tamanho das sequências pode acarretar em horas ou até mesmo dias de execução. Neste contexto, é fundamental que tais aplicações estejam amparadas com mecanismos de tolerância a falhas, uma vez que a ocorrência de uma falha pode demandar a reexecução completa da aplicação, gerando prejuízos em termos de tempo e de custo. O MASA-CUDAlign é uma ferramenta de comparação de sequências exata, que implementa tolerância a falhas em apenas uma GPU. O objetivo da presente Dissertação de Mestrado consiste em propor, implementar e avaliar um mecanismo de tolerância a falhas para o MASA-CUDAlign, utilizando múltiplas GPUs. O mecanismo de tolerância a falhas baseia-se numa funcionalidade da ferramenta, que é o armazenamento de algumas colunas em disco, reaproveitando-as como checkpoints síncronos. A avaliação deste mecanismo leva em consideração seu overhead frente à versão original, a análise de falha em diferentes circunstâncias e experimentos utilizando uma quantidade superior de GPUs (oito), com múltiplas falhas simultâneas.