Banca de DEFESA: Angelica Rodrigues Alves

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : Angelica Rodrigues Alves
DATA : 05/09/2022
HORA: 14:00
LOCAL: Videoconferência
TÍTULO:

Análise da diversidade e desenvolvimento de protocolo de detecção por PCR para Xanthomonas euvesicatoria pv. allii.

PALAVRAS-CHAVES:

Allium cepa, BOX-PCR, MLSA, primer específico

PÁGINAS: 70
RESUMO:

A cebola (Allium cepa L.) é uma importante hortaliça cultivada desde a antiguidade e distribuída mundialmente. É a terceira hortaliça mais cultivada, atrás somente da batata e do tomate. Desde 2018 houve um aumento na ocorrência de queima bacteriana em campos de cultivo de cebola nos estados de Goiás, Minas Gerais e Distrito Federal, ameaçando a qualidade e a produtividade da cebola no cerrado brasileiro. Foram coletadas amostras e os isolados bacterianos identificados como sendo Xanthomonas euvesicatoria pv. allii (Xea). Visando ampliar os conhecimentos sobre o patógeno, o objetivo desse trabalho foi estruturar uma nova coleção de isolados, identificar, caracterizar e desenvolver um novo protocolo de detecção por PCR para Xea. A coleção de isolados de 2021 teve seu gênero confirmado pelos primers XgumD F7/R7 e variabilidade pela técnica de marcador molecular BOX-PCR. Haplótipos foram selecionados para o sequenciamento de quatro regiões genômicas para análise de Multilocus sequence analysis (MLSA). Para o desenvolvimento de um protocolo de detecção, os seis genomas disponíveis no GenBank de Xea foram reanotados e então por genômica comparativa buscou-se genes presentes entre todos os isolados e ausentes para demais espécies e patovares. Para o desenho de primers, as sequências dos genes exclusivos foram usadas no software NEB LAMP Primer Design Tool. Os primers sintetizados foram avaliados quanto sua capacidade de amplificação dos isolados de Xea, sensibilidade e especificidade com microbiota isolada de folha de cebola. Todos os isolados foram identificados como sendo do gênero Xanthomonas e pelo BOX-PCR foi possível identificar a presença de quatro haplótipos além dos seis haplótipos da coleção original. Pela análise de MLSA foi visto o agrupamento dos novos isolados com os originais de 2018/2019, com elevados valores de probabilidade posterior, enquanto somente o isolado A-2021-01 agrupou em um clado mais distante com isolados da patovar alfalfae. Somente o par de primer 5038_ID9 foi capaz de amplificar todos os haplótipos somente com o fragmento esperado de 200 pb e sensibilidade de amplificação de concentrações superiores à 50 pg. Nenhum dos isolados de microbiota foi amplificado com este par de primer.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - EDIVANIO RODRIGUES DE ARAUJO
Interna - 2215041 - MARISA A DA S VELLOSO FERREIRA
Presidente - 3051226 - MAURICIO ROSSATO
Interna - 3117540 - THAIS RIBEIRO SANTIAGO